Die manuelle Auswertung von polydispersen Wasserproben mit einer hohen Anzahl an vielen Unterschiedlichen Kategorien an Mikroorganismen und Kleinstlebewesen ist ein sehr zeitaufwändiger Prozess. Durch die Möglichkeit einer softwaregesteuerten Katalogisierung und Klassifizierung von Mikroorganismen lässt sich dieser Prozess in kürzester Zeit mit hoher Präzision durchführen. Dies kann über zwei Wege erfolgen. Über einen speziellen Algorithmus, der spezifische Formen und Strukturen der einzelnen Partikel erkennen kann, lassen sich diese automatisch in entsprechende Kategorien einordnen. Weiterhin ist es möglich, Organismen mit spezifischen Fluoreszenzmarkern zu markieren. Werden diese dann während einer Messung mit einem Laser angeregt, senden sie ein spezifisches Fluoreszenzsignal aus, wodurch wiederum Informationen über die Art des Organismus generiert werden können.